Pokud seženeš ovladače, tak dál není problém. Pod 64bit Windows nejedou jenom stařičké 16bitové aplikace a těch už moc nepotkáš a když ano, dá se to řešit nějakým emulátorem nebo virtualpc.

Co se týče výkonu, tak 64bit programy jsou oproti svým 32bit kopiím rychlejší, 32bit programy jedou +- stejně jako na 32bit OS.