Avidemux jsi zkusil?
Nastavit copy pro video i audio aby nedoslo k rekompresi.
http://avidemux.sourceforge.net/
Dalsi reseni muze byt nejprve zkomprimovat do avi (AutoGK) a pak teprve strihat (Avidemux).
Ackoliv se to tak pry delat nema, tak se mi to u problematickych MPEGu z televize osvedcilo.