S tím Atomem to budeš mít zbytečně komplikovaný.
Desky s Atomem nemají vhodný výstupy pro HTPC (žádný HDMI, žádný DVI, žádnej digitální zvuk, ...) a mají jen jeden PCI slot a sehnat moderní gk (s akcelerací HD videa) do PCI není tak jednoduchý (ale jde to) a navíc je to docela drahý a už vůbec k tomu nemůžeš mít pořádnou zvukovku ... a tak různě.
Daleko výhodnější pro tebe bude koupit si mATX desku s dostatečně kvalitní integrovanou grafárnou (AMD 780G, nForce 730, ...) a do toho levnej procesor.

Tady máš něco na čtení: http://pctuning.tyden.cz/index.php?o...1847&Itemid=43