Microsoftí VPN server (předpokládám hovoříme o Windows 2003 Server?) se konfiguruje přes MMC Routing and Remote Access. Jaké všechny služby jsou na tomto závislé nevím, ale primárně -jak jinak- Routing and Remote Access.

Za konfiguraci rozhodně stojí, umožňuje integraci autentifikace userů do domény, tj. odpadá nutnost generování certifikátů (mluvíme o nejjednodušší variantě konfigurace) atp. - stačí povolit v doménovém účtu remote access...

Na konfiguraci není složitá, stačí proklikat pár průvodců -klasika MS. Ale doporučuji pro VPN server dedikovat síťovku na serveru - v případě, že primární síťovka serveru slouží i pro VPN, občas jsou s tím potíže (já se s tím několikrát setkal).
Před konfigurací však doporučuju dobře promyslet, jak bude infrastruktura vypadat a připravit si postup dle MS Supportu - je tam hodně článků na toto téma, např. http://technet2.microsoft.com/window....mspx?mfr=true

Druhá věc je konfigurace firewallu, pokud máš VPN server za firewallem nebo i za NATem. To je trošku složitější, v linuxu jsou třeba nějaký extra moduly k iptables, ale jde to. Je třeba povolit forward protokolu GRE a forward několika UDP a TCP portů (v případě, že je VPn server za NATem).

Good luck