Mno, tak jsem to rozlousknul... Byl jsem trochu línej, proto jsem to řešil virtualizací.
Takže jsem se hecnul a aplikaci z IIS/Silverlightu a MSSQL přepsal do Apache/MySQL/PDO

Každopádně děkuji všem za rady, virtualizace na atomu je opravdu slepá ulička.
Daná aplikace je momentálně o 1-3 řády rychlejší (měřeno generování stránky s načítáním dat z SQL). Zajímavý problém mám jen na šíleném dotazu, kde je na každém řádku subselect s výpočtem, kupodivu na MSSQL to běželo hodně rychle (sekundy), na MySQL desítky sekund. Asi ty výpočty přepíšu na úroveň php kódu.