Osobně to řeším tak, že mám disk rozdělený na 2 partition.
Měl bych všechno v jednom, ale takto to mám z jediného důvodu - pokud by mi zkolaboval systém, můžu jej bez obav nainstalovat načisto.

Jednu partition mám tedy na systém a některé aplikace a druhou partition na data a mám tam i "portable" verze programů a hry (taky často nevyžadují instalaci).

Takže takhle to dělám já... Nemusím řešit situace zmenšování/zvětšování partition, když mi jedna přijde malá a naopak, což bych se v tvém případě docela bál. (v normálním provozu to možná tak akutní není, ale když potřebujše občas odložit dočasně nějaký větší objem dat, tak se to hodí, mít víc souvislého prostoru)

Takže já jsem zastánce max 2 partition, v případě více než jednoho OS na jednom disku 1+n, kde n je počet OS na jednom disku (=pro každý OS samostatná partition, v případě unixových systémů to tak řeším taky a swap dělám v souboru).