Jestli to mas v InnoDB tak to proste cely udelej v jedny transakci a mas konzistentni zalohu. Jestli to mas v MyISAMu, tak ti nezbejva nez ty tabulky zamknout. To sice konzistenci nezajisti (kdyz to zamknes mezi vice query nejakyho delsiho scriptu), ale rozhodne zlepsi.
Spravne reseni jsou ty transakce.