Rozepsane je to treba tady http://technet.microsoft.com/en-us/l.../cc751049.aspx

Tedy jeden obsahuje registry v HKLM casti, druhy HKU resp. HKCU.
Jinak odpoved na otazku bych vzal strucne: nevymyslej kraviny

Pokud citis, ze jsou windows zahnojene, tak muzes smazat profil (user cast), popr. preinstalovat cele. Zadne cistice registru neinstalovat, nepouzivat.