Hmm, tak to je jasné. Máš v tom jednoduše zmatek. PHP je preprocesor, tzn. že pomocí PHP a výstupu dat z MySQL musíš poskládat validní HTML a ten teprve protlačit skrz mPDF. Tím že vynecháš PHP, tlačíš do PDF zdrojový kód.
Konkrétně file_get_contents() ti natáhne zdroják, ale ten nemůžeš dát do mPDF!, protože nebude zpracován.

Pro přehlednost doporučuju následující postup (i když také není ideální):
- udělej si normální stránku, která má zobrazovat přesně to co chceš mít v PDF
- pak v kódu na začátku zapni výstupní buffer (viz http://www.php.net/manual/en/book.outcontrol.php)
- na konci načti obsah výstupního bufferu a protlač skrz mPDF