Čtu si tvůj dotaz už potřetí a přemýšlím na co se vlastně ptáš...
Pro upřesnění - říkáš, že html se převede do pdf dobře. Pak nerozumím v čem je problém. Výstupem PHP musí být samozřejmě opět HTML, takže je jedno jestli to zobrazím na výstup nebo pošlu do mPDF.
Napřed si tedy otestuj validitu stránky v HTML a pak to přesměruj na mPDF.