Tak jsem to částečně vyřešil pomocí přidání classpath do manifest.mf souboru.
Kód:
Class-path: /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/lib/plugin.jar
Teď ale nevim jak to udělat aby to fungovalo i pro jiný instalace JRE v jiném adresáři. A na windows. Napadlo mě to přes proměnnou JAVA_HOME, ale ta je málokdy nastavená.