S NODem jsme měli na Win serverech 2003/2008 problémy - záhadně mizely součásti jako Notepad apod. Po odinstalaci byl klid.
Je nutné na serveru mít antivir? Co vím z praxe, tak to není moc používáno. Drtivá většina balastu se šíří přes web a mail a ten tam předpokládám nikdo nepoužívá. Během připojování k databázi by se nemělo nic stát