Zkus stáhnout nejnovější svn build avidemuxu a ne stabilní verzi. Já jsem zkoušel stříhat nějaká mov videa z foťáku pro známého a nepadalo to, ani jinak neblblo. Používám jen svn buildy. Odkazy na svn buildy najdeš třeba zde: http://www.razorbyte.com.au/avidemux/ (jsou pod odkazy na stabilní verze).