Jenom na okraj, konfig by nemel byt u toho jaru ale v uzivatelskym profilu -> mel bys vyreseno odkud konfig nacitat.

Druhak proc se to spatne spousti pri dvoukliku, je tim, ze se spusti java -jar <plna_cesta_k_jaru> <ostatni_parametry>

Presneji to je u me defaultne nastaveno takle:
"C:\Program Files\Java\jre6\bin\javaw.exe" -jar "%1" %*

Tedy pokud to chces vyresit pri zachovani lokace konfigu, tak si udelej zastupce, kterymu pridas parametr s cestou ke konfigu...