S tím asi nic nenaděláš.
Soubor CHKDSK.EXE ve Win98 už nic neumí a je tam jen z důvodů kompatibility s DOSem. CHKDSK z Windows na bázi Win NT (např. z XPček) nejde použít, protože ten používá funkce z KERNEL32.
Takže nezbude než si tam nahrát HIMEM.SYS (a udělat si CONFIG.SYS, který jej zavede) a pak SCANDISK.