Já bych jako problém viděl spíš to, že se FAT mnohem jednodušeji poškodí. Když mi na fatce párkrát vytuhne OS, můžu to možná reinstalovat, možná i formátovat jaké budou chyby na disku.
Dříve co jsem ještě házel XP na fAT32 (měl jsem vše ve FAT32), protože to bylo rychlejší, byla četnost mejch reinstallů díky poškození dat windows na disku asi 10x větší než s NTFS.
Zase ale když je error na fatce, většinou se opraví, data jako takové mi vždy zůstaly (ve složkách mimo win). Ale když se už nabourá NTFS, ačkoliv více vydrží, tak o to více fatální je pak její pád.