BugZilla by ti nevyhovovala? Používá to i jedna dost velká a celosvětově známá firma.
Já si vždycky vystačil s jednoduššíma jako je assembla. http://www.assembla.com/, ale nikdy jsem nepotřeboval podporu pro zákazníka.
EDIT2: Pro jednoho našeho velkého klienta. Tedy přesněji, jeden náš velký klient používá něco co nazývají ServiceDesk.
EDIT3: Tak to bude asi tohle http://www.openview.hp.com/products/sdesk/index.html a zadarmo rozhodně nebude.