Pokud je ti jedno jakým jazykem to bude a nepotřebuješ multiplatformost, tak bych asi šel asi do C#.

Osobně mi přijde C# o něco jednodušší a míň striktní jak JAVA (což je někdy na škodu).

Díky tomu, že je C# poměrně nový tak má i modernější a o něco rozsáhlejší API a tak nemusíš shánět další externí knihovny jako já v JAVě (Ale ne, že by jsi se tomu vyhnul vždy).

Rozhodně musím pochválit Visual Studio jako poměrně dost zdařilý vývojový nástroj.

Přijdeš ale třeba o možnost jednodušše vytvořeného web appletu.
Na druhou stranu, když to uděláš dobře tak to poběží i na Windows Mobile zařízeních.

A s projektem GL, protože ty další vychytávky už jsou poměrně Hardcore smrdí to použitím OCR, scanline a podobných vychytávek. Pro hledání tras budeš rozhodně potřebovat nějaký alg. na vektorizaci cest, což bude hodně zajímavé. Rozhodně super zkušenost, takové výzvy mám rád



PS: Nejsem agitátor Microsoftu, dokonce častěji dělám v JAVě. Když ale přejdu na C#, tak mi přijde hodně věcí najednou jednodušších.