Jednou se mi neco podobneho stalo a to kdyz jeste zacatek filmu byl ve stereu a po chvili prepnuli spravne na mono, tak jedinej prehravac, kterej to prehral bylo prave vlc.
Ty mas vyhodu v tom, ze to stejne chces nakonec zkomprimovat, takze bych to zkusil asi primo vytahnout z vlc, vlccku rict at ulozi audio stopu jako mp3.
Otazka je, jestli tam nekde nebude rozhozena synchonizace, takze pak nejdriv poradne opravit ten puvodni mpg soubor. Na to mam bud ProjectX, mpeg2repair, VirtualDub MPEG2 (vse zadarmo) a pak krale, ktery zatim zvlad vse Womble MPEG Video Wizard DVD, ten uz zadarmo neni.
Jestli chces a tvuj upload ti to dovoli, tak mi to klidne muzes nekdy hodit na ftp a kouknu se na to.