Možná je to trošku řešení mimo, ale většina novějších desek má BOOT menu, že? A má-li člověk 2 fyzické HDD, tak existuje řešení, které netrpí žádným výše zmíněný problémem (používám to tak a je to naprosto geniálně jednoduché). Je jedno, jestli se instalují nejdřív XP a pak Vista či opačně.
1) Odpojte druhý HDD
2) Pro uplnou jistotu, že bude zavaděč (hlavně u Visty se děje, že občas šoupne zavaděč na špatnou partition, když svou cílovou při instalaci teprve vytváří) na správné partition je dobré ostatní partition skrýt (např. Acronis Disk Director).
3) Nainstaluju libovolný OS
4) Znovu zobrazím skryté partition
5) Odpojím tento HDD a přípojím druhý HDD a pokračuju bod 2)-4)
6) Zapojím oba HDD a pak si přes BOOT menu základní desky vyberu disk (na každém je jedna partition aktivní) ze kterého chci bootovat a tím i systém, který na disku je....

Žádné sdílené instalace, žádný problém při obnově některého ze systému (z image - Acronis True Image, Norton Ghost), žádné společné zaváděcí soubory. Prostě čístá práce, jeden OS o druhém vůbec neví a nijak se neovlivńují....