Řeknu to asi takhle
USB - relativně pomalé, ale připojíš to ke všemu, nejlevnější řešení
e-SATA - nejrychlejší, ale zdaleka ne všude zatím najdeš potřebný konektor
LAN - nejuniverzálnější, dostupné odkudkoliv i z více PC, ale asi nejdražší řešení
FireWire - něco mezi tím vším, rychlejší než USB, zato dražší a taky ne moc rozšířené

Pokud to plánuješ na trvalé zálohování, doporučil bych přes LAN, někam uklidíš a můžeš zapomenout že existuje. K datům se dostaneš bez ohledu na HW, nebo OS.
Naopak pro levné "kapesní zálohování" s možností přenášet např. do práce je nejlepší asi USB, levné a taky kompatibilní skoro se vším.