"Nechci se přít, ale manuál k desce říká, že jižní most VT8237 podporuje dvě SATA + dvě PATA zařízení. Pokud je tomu tak, nepodaří se mi naklonovat původní disk"

Měl by podporovat 2 IDE kanály (4 x PATA což právě maximálně využíváš) + 2 x SATA. Rozšiřující řadič pak podporuje další kanál PATA (2 zařízení) + 2 x SATA a umí i RAID. Čili ty ponecháš své 4 PATA zařízení tak jak jsou a pouze do volného SATA konektoru připojíš nový SATA disk.
Do windows nainstaluješ jeho ovladače a pak uděláš zálohu systémového disku (partition) pomocí třeba Clonezilly. Tu zálohu pak odzrcadlíš na nový SATA disk a v BIOSu změníš bootování na SCSI (tak se u těchto motherboardů obvykle SATA zařízení hlásí). No a pak se jen modli, aby to nabootovalo.
Ale samozřejmě taky doporučuji novou instalaci (k ní si připrav SATA driver na disketu).