1. Linux podporuje Mass storage
2. Linux podporuje USB 2.0
3. Linux podporuje disky větší než 127 GB

...myslím, že nebudeš mít žádné problémy...
Ale vhodně bych volil filesystém, pokud to chceš provozovat na win i na lin, tak asi FAT32, jinak EXT3 nebo jiný oblíbený linuxový.