Je to přesně jak píšeš, boot sektor se uloží (připadně doplní když už existuje) na HDD, který je při instalaci nalezen jako první, nebo prostě na ten z kterého se běžně podle biosu bootuje.
Pokud bys chtěl mít boot sektor na druhém disku s Vistama, musíš při instalaci Vist původní HDD s XP odpojit (nyní můžeš jedině použít nějakou utilitu, třeba FIXMBR a vyrobit si boot sektor i na disku s Vistama). Pro volbu který boot sektor bude použit slouží v BIOSu právě nastavení HDD z kterého se má bootovat.
Doufám, že je to aspoň trochu srozumitelný, kdyby ne ozvi se...