To se právě mýlíš, v otevřené bedně se součástky mnohem hůř chladí než v uzavřené s dobrým airflow. Takže jeden větrák dej dopředu dolů na čelo skříně, ať nasává vzduch a fouká ho přes pevné disky do PC. Snaž se mu to nasávání co nejvíc ulehčit, takže pokud si troufáš vyřež případné mřížky co tam máš atd. Druhý větrák dej pod zdroj ať vzduch z PC vysává. Platí to samé jako u toho předního. Pokud se ti tam vlezou 120 mm větráky tak to je ideální, jinak dej co tam vejde. Kup nějaké tišší, případně je přes redukci dej na 5 V.
EDIT: a ukliď si v case kabely atd, ať nic nebrání proudění vzduchu. Pokud můžeš hoď foto vnitřku, jak to máš uspořádané.