Čtení obsáhlé, dlouze jsem přemýšlel, co myslíš tím disky jsou přehozené, ale písmenka v pořádku, ale už je mi to jasné

1. vadít to pouze systémům, které si mapují disky dle akutální konfigurace (Windows 98, Me)
2. to záleží na BIOSu, protože intelovský jižní můstek je schopen v compatible režimu některé porty vynechat
3. to bys teoreticky mohl, ale pozor, písmena jsou v registrech zapsána od desky přes řadič, port řadiče až po pořadí partition na disku, takže se může stát, že když přepojíš systémový disk na jiný konektor tak a) nenaběhne vůbec a zkončí s BOSD INACCESIBLE_BOOT_DEVICE, b) naběhne, ale budeš mít pozpřeházená písmena disků, c) naběhne jako by se nic nedělo
4. ano, tak bych to i doporučoval, Windowsům nejvíc svědčí, když se provozují ve stejném stavu v jakém byly instalovány.