Můžeš zkopírovat všechny soubory + podsložky profilu "c:\Documents and Settings\<uživate>\Data aplikací\Mozilla\Firefox\Profiles\*.*" a zase nakopírovat do nové instalace.
Zachovají se tím nejen záložky, ale i nastavení internetu, uložená hesla, atd.

Stačí dodržet:
- Firefox by měl být stejná verze
- při záloze i obnově profilu nesmí být Firefox spuštěnej

Pokud umíš používat třeba TotalCommander, tak žádnej další program není potřeba