Nakonec jsem to vyresil takto:
Kód:
<VirtualHost *>

    ServerName testdomain.cz
    
    RewriteEngine  On                                        
  
    # == *.domena.tld ==
    # Adresarove Aliasy
        RewriteCond    %{REQUEST_URI} !^/icons/
        RewriteCond    %{REQUEST_URI} !^/cgi-bin/            
    # Smerovani do prislusneho adresare
        RewriteCond    %{HTTP_HOST}  ^(.*).testdomain.cz   
        RewriteRule    ^(.*)$        /%1/$1 [L]   
  
    # === -.domena.tld ===
    # Adresarove aliasy
        RewriteCond    %{REQUEST_URI} !^/icons/
        RewriteCond    %{REQUEST_URI} !^/cgi-bin/  
    # Smerovani do zvoleneho adresare ("www")
        RewriteRule    ^(.*)$    /www/$1 [L] 
    # Presmerovani na www.domena.tld
    #    RewriteRule    ^(.*)$    http://www.testdomain.cz$1 [R]        
  
</VirtualHost>
V prvni casti se zjistuji nazvy domen druheho radu a radi se do prislusneho adresare v DocumentRoot.

Pokud neni zjisten nazev (=prazdny nazev), nastupuje druha cast, ktera na zaklade volby pravidla zakomentovanim bud presmeruje server do zvoleneho adresare, nebo presmeruje prohlizec na domenu druheho radu s nazvem www.

U obou casti musi byt definice vynechani adresarovych aliasu Rewrite modulem, aby aliasy zustaly funkcni.

... a den je v haji