Je to pravdepodobne chyba servra, lebo po prihlásení cez web rozhranie označí tvoje správy ako nestiahnuté a TB ich začne sťahovať znova.
Ja som mal takýto problém s firemným mailom, kde admini z času na čas niečo štelovali a potom sa mi 2GB mailu sťahovalo znova. Riešil som to rozšírením Remove Duplicate Messages, ktoré sa mi odvtedy osvedčilo napr. v prípadoch keď som aktualizoval priečinok z Gmailu (sťahoval som poštu aj doma, aj v práci a nemal som všetky správy pohromade).