Doufám že nemáš přetaktováno a že má AGP sběrnice frekvenci 66MHz (měl by to ošetřit reset CMOS, ale pokud se nepovedl...). A máš v BIOSu u Init display first nastaveno AGP? Ještě se koukni do BIOSu, jestli tam není nějaká položka jako "BIOS protect", možná proto nelze BIOS updatovat.

A opravdu není dobrý nápad strkat jakoukoliv kartu do zapnutého PC, tak můžeš odpálit základní desku i tu kartu.