Osobně si myslím, že když rozchodíš obě zvukovky najednou, a v ovládacích panelech nastavíš upřednostňované zařízení pro záznam, tak v "chytřejším" programu (v tomhle případě asi Skype) by mělo jít toto zařízení ručně změnit, pro účely tohoto programu. Takže TV tuner bych propojil s "defaultním" line-in a mikrofon bych dal do té druhé zvukovky, a ve Skypu nastav, že budeš používat zařízení XY. Opačně to asi nepůjde, protože nepředpokládám, že ovl. program od tuneru bude umět nastavovat zvuk. kartu, když ji pro sebe defacto nepotřebuje.
Jestli to ale neumí ani Skype, pak nevím.