"Většina mé práce za poslední rok je přepočítaná špatně"

To nevadí, ve každém slušnějším přehrávači si můžeš poměr stran upravit.

"Co si mám představit pod pojmem anamorfní video"

To je právě skutečnost, že pixely nejsou čtvercové a je třeba změnit poměr stran při přehrávání. Např. DVD může mít video 1,33:1, 1,75:1 nebo 2,35:1 (to jsou nejběžnější formáty) a vždy (přesněji převážně) je uloženo v rozlišení 720x576. Informace o poměru stran je uložena v kontejneru, který toto video obsahuje. Při přehrávání pak je výsledná velikost obrazu 720x540, 720x408, 720x304. U avi by to video muselo být vždy v rozlišení, v jakém se bude přehrávat (právě proto, že kontejner pro avi informaci o poměru stran neobsahuje). Výhoda anamorfního videa je ta, že je uloženo více informace a přepočet na cílový poměr stran je kvalitnější.

Asi bych ti jen poradil nastavit ten program tak, aby rozměry cílového videa byly určené tebou. Pokud zadáš rozlišení 720x540, tak aby to Gordian Knot dodržel. No a ty bys měl vědět podle zdrojového videa, jaký poměr stran chceš nastavit (nenechával bych rozhodovat program, vidíš sám, že to dělá blbě).