Je tam krásně jednoduchý popis použití session s cookies. Tak pokud ti neco nejde s tímto spojením tak jsem myslel, že tohle by mohlo vyřešit tvjů problém.

Jinak jsem si dal tu práci a přečet jsem si pár příspěvků na http://php.net

a narazil jsem tám na něco co by mohlo být tvým problémem.
http://cz.php.net/manual/cs/ref.session.php#42132

Nenastavuješ náhodou přes cookie expire-time? Pak to ten flag přecte a pokud neprojde tak se session zrestartuje (takže se nezaloguješ bez cookies)