Nejprve bych zkusil chkdsk C: /R
Taky to může být projev nějakého neřádu, takže ještě zkusit antispyware Adaware, Spyboot (antivirák už jsi zkoušel, jak vidím).
Pokud to bude v pořádku, koukni se na programy, které máš v PC a které umí nějak pracovat s partition (Acronis, Ghost...). Když jsem zkoušel Acronis True image, tak jsem zjistil že na pozadí spouští zbytečně 2 (nebo snad i 3) procesy. Něco podobného tvému problému jsem našel na fóru Acronisu, takže kdoví.
http://www.wilderssecurity.com/showthread.php?t=128331