Huh a ty poustis Xka primo z konzolem prikazem startx nebo pouzivas nejaky login manager? (xdm|gdm|kdm|entrance)
Protoze login manager si startuje svoje session skripty. Resenim by bylo asi dat ty prikazy nekam do /etc/X11, tam by mel byt nejaky globalni xinitrc. Pripadne treba gdm ma skripty, ktere se pousti jeste pred greeterem.