Zkus hodně známý RegCleaner v4.3 (free) a pročistit registry (Nástroje > čištění registru > spustit vše). Dál se může stát, že v MSConfig neuvydíš vše, co se spouští po startu, RegCleaner to umí.

Nebo můžeš zkusit použít program Autoruns (free) nebo Process Explorer (free) od Sysinternals, www.sysinternals.com