"Vzhledem k tomu že když se nabootuje z CD je to víceméně DOS"
Promiň, ale toto je totální blbost. BartPE nabootuje do winXP, live distribuce Linuxu nabootují do Linuxu v textovém nebo i grafickém módu a samozřejmě lze vyrobit boot CD, které ti nabootuje do DOSu. Máš-li na mysli autorun, pak hledej na netu něco o něm. Z toho dotazu to nevyplývá (jen, že nechceš bootovat do winXP). Podívej se třeba sem:
http://www.pctuning.cz/titulnistrana...ayID=3&Print=1
Jsou tam i odkazy na image (http://www.bootdisk.com/) známých systémů. Je tak těžké napsat, že program má běžet v DOSu?