Co to znamena klicky v systrayi? V jakem systrayi? IMHO tohle bude zalezitost desktopoveho prostredi, takze jestli chces pouzivat roota nejak normalne, otevri si terminal a prihlas se pres "su -" nebo sux. Pak dostanes shell, kde muzes poustet i GUI programy pod rootem. Kdyz je pustis na pozadi, muzes jich z jednoho shellu pustit vic.
Jinak ukoncovani uzivatelu znamena killnout jeho parent shell (vetsinou) - tzn. bash uzivatele. V pripade nalogovaneho uzivatele pres nejaky graficky login manager, staci killnout session toho desktopoveho prostredi (gnome-session, startxfce4, startkde apod.). Nijak jinak jednoduseji to nepujde, Linux nejsou windows.