Klasika, špatně naimplementovaný DNS systém v doméně.
1) Je třeba na některém z těch Win200x (doporučuju spíše ten 2003) serverů nainstalovat DNS server a správně ho nakonfigurovat. Zrušit root zónu (.) a udělat na něm forward zóny pro obě domény + reverse zóny pro subnety, které používáš. Na všech zónách povol dynamické registrace (toto je snad nejkritičtější bod). Nastav forwardování nezodpovězených dotazů na DNS ISP nebo gateway, podle toho co používáš.
2) Nastav VŠECHNY počítače i servery na tento DNS server. Nezbytně nutné ! Ve forward zónách pro obě domény MUSÍ být zaregistrovány MSDCS záznamy obou doménových kontrolérů. Pokud nejsou tak na těch serverech restartuj službu NETLOGON, pokud stále není - otoč server, pokud není ani po restartu, tak si stáhní dcdiag a spusť ho. Po dokončení spusť NSLOOKUP a zkontroluj zda DNS resolvuje PDC a GC záznamy v DNS.

nslookup
>set q=srv
>_ldap._tcp.pdc._msdcs.tvoje.domena.nevim
měl by vrátit ip adresu domain controlleru
>_ldap._tcp.gc._msdcs.tvoje.domena.nevim
měl by vrátit ip adresu domain controlleru

Jinak WinXP ti nefungují protože nelezou na WINSy, pokud mají nastavenou DNSku (možná se k tomu dají přinutit - nezkoumal jsem)Windows 2000 to nedělají.

EDIT: Pro rýpavce doplním, že se dá použít jakýkoliv DNS server, který podporuje dynamické registrování (MS to nedoporučuje )