Nejsem si jist, zda chápu situaci. Máš 2 soubory v 16ti adresářích? To jako ve všech adresářích dva stejné soubory?

No to není až tak podstatné, podstatnější je, o které adresáře se jedná - některé systémové prostě smazat nejdou, jako např. adresář s body obnovení, pokud máš obnovení povoleno atd.

Jinak zkus třeba SW na bezpečné smazání, na www.download.com jich najdeš tuny, hledej Secure erase nebo něco podobného.