Zkus použit konfigurační textové nástroje, nevím ale přesně jak se jmenují, je to nějak xf86config nebo xfree86cfg , to si nejsem jistý.
Musím ale říct, že mám podobný problém v debianu, ikdyž zadám rozlišení 800x600, Xka jej ignorují a vždy se spustí jen ve 640x480