Oddíl s FAT 32 není asi bootovací. Je tak maximálně aktivní, což znamená, že v MBR je napsáno, že OS se bude spouštět z něj. Ale dost pochybuju, že LILO máš zrovna v něm.
Každopádně já instaluju LILO do MBR. V /etc/lilo.conf je to řádek:
boot = /dev/hda
Za a můžeš dosadit b, když disk, ze kerýho chceš bootovat je primary slave atd. Pokud není uvedeno číslo oddílu, pak je LILO přímo v MBR disku. Pokud je tam číslo oddílu, pak je LILO v boot recordu toho oddílu. Jetsli nemáš opravdu dřevní LILO, tak je instalace do MBR optimální, protože se nemusíš starat, jestli máš nějakej oddíl aktivní atd.
Každopádně se podívej, kde vlastně máš LILO teď. Možná budeš překvapenej, že ten FAT oddíl máš už nějakou dobu aktivní poněkud zbytečně. Ale to fakt ničemu nevadí. Jinak, když smažeš LILO, tak ti systém vesele poběží fál a řešit to nebude, pokud ho nebudeš chtít startovat.