To je nekde popsane v jakesi standardu - tusimze neco jako Filesystem hierarchy, je to tak pro to, ze uz je to zabehane cca 30 let a nikdo to nechce moc zmenit, protoze to tak vyhovuje.
Kazdy adresar slouzi na neco, navic se muzou libovolne presouvat casti adresaroveho stromu na ruzne disky nebo sit - Unix tohle nerozlisuje.

Uplne nejhorsi jsou programy ve woknech, kde si kazdy vytvari vlastni adresar, casto s duplikaci nekterych systemovych knihoven. Kdyz chces najit binarku cim se ten dany program spousti, tak je to pak problem protoze to muze byt kdekoliv, v Unixu je to vsechno v /usr/bin nebo /usr/local/bin. Je to cisty, jasny, prehledny.