Ja som túto situáciu riešil dvoma spôsobmi:
1. Nabootujem z CD Win XP, dám Repair (R) a napíšem CHKDSK /p - veľakrát pomôže už len spustenie checkdisku
2. ak to nepomôže, tak väčšinou mám zálohu adresára config, ktorú urobím vo funkčnom systéme z bootovacej diskety Win 98 (mám FAT32), ktorou potom prepíšem v dosáckom režime pôvodný adresár.
Trošku komplikované ale vždy ľahšie ako reinstal