Rychlejsi je FAT32, NTFS ma rezii navic (kvuli lepsimu zabezpeceni dat).
Zde je test Seagate Barracuda 7200.7 80GB, Sandra 2003 disk benchmark, testovano na 5GB partition na zacatku disku:
FAT32 38000 bodu
NTFS 29000 bodu.
FAT32 je dobra na skladovani filmu, mp3, pri kopirovani z disku na disk.
NTFS je nepostradatelna na citlive data (zdrojaky, dokumenty), navic umi nastavit prava pristupu k souborum a adresarum, uspornejsi pri spouste malych souboru.

Rozhodne na systemovem disku je lepsi mit NTFS, uz jen kvuli zabezpeceni pristupu k dulezitym systemovym souborum.