2Mavko:

Ten UD Monitor fici sam - nema duvod se na neco ptat. Pokud si stahnete beta verzi, tak ta umi uz i "silent mod", tj. nezobrazuje okenko, ze se odesila unita ze slotu cislo X.
Nastaveni mam u UDMon na karte General takto - vsude zaskrtnuto "x":

x Run on start
x Stop on exit
x Send result before cache auto-switch
x Silent Send/Receive

Communication timeout 3 minutes

Tu posledni polozku vsak doporucuji na pomalejsim stroji a pripojeni k Inetu nastavit radeji 4 - 5 minut.

Potom funguje UD takhle - dopocita unitu, "uzavre ji a pripravi k odeslani" a odesle ji, stahne novou. Po zavrseni "Connection timeout" se prepne do dalsiho slotu - s nejstarsi unitou, kterou zacne pocitat. Pokud se za dobu Communication timeout nepodari unitu odeslat, zustane ve slotu neodeslany RESULT a prejde se stejne na novy slot (nejstarsi nezpracovana unita).

Pokud se nepouzije UDMon, pak se po dokonceni unity UD Ligandfit na nic nepta, uzvra unitu a odesle ji, zaroven si stahne novou a tu zacne zpracovavat. UDMon neslouzi k zaloze, ale umoznuje pocitat dal (jsou-li stazene unity) pri vypadku serveru UD (a tech bylo v urcite dobe vic nez dost ). U UDMon vsak hrozi jedno nebezpeci - kazda unita ma 2 casove omezeni - jedno je 14 dni CPU time na spocitani a druhe, v tomto pripade dulezitejsi, je 21 dni WallClock, to znamena, ze do 504 hodin od stazeni unity musite tuto zpracovat a odeslat. Prilis mnoho slotu (stazenych unit) na pomalem stroji bude mit za nasledek, ze ihned po prepnuti do slotu s "prestarlou unitou" se stahne unita nova nebo se v pulce prace jeji zpracovani prerusi a stahne nova (prekroceni limitu 21 dnu).

Zadny soft na tvorbu backupu neexistuje - UD Agent (Ligandfit) provede ulozeni vzdy po dokonceni jedne ligandy. Jine to nikdy nebude - charakter vypoctu neumoznuje ukladat casteji. Bylo obdobi (jeste ve fazi 1 projektu), kdy trvalo i vice nez 48 hodin, nez se ulozil dalsi vysledek. Co by tento pripad znamenal pro stroje, ktere jsou v provozu pouze max. 8 hodin denne nebo se na nich provadi nekolik restartu denne, je jasne.

V soucasnosti se pri kazdem restartu nejprve vygeneruje Energy grid - to muze trvat napr. 1,5 minuty, ale taky dele nez 2 hodiny (podle rychlosti pocitace). Teprve potom se zacne pocitat dalsi liganda, ktera se teprve po zpracovani zapise na disk.

Zaver je ten, ze kazdy restart pocitace prinasi ztratu CPU time = cas straveny na vypoctu nedokoncene ligandy + nove generovani energy grid.

Snad to moje vysvetlovani neni prilis zmatene

BTW - nezapomente na karte Interface zaskrtnout Minimize to tray a hlavne '...on window close ("X" button)', aby pri ukonceni UDMon neskoncilo i zpracovani UD.