Setkal jsem se s tím, že když po čerstvé instalaci Woken nepovolíš v okně disku v menu: Zobrazit/Možnosti složky/Zobrazit - zobrazit všechny soubory a necháš standartní nastavení - nezobrazovat skryté a systémové soubory, tak potom průzkumník v NERU přebírá toto nastavení a do projektu CDR se prostě takové typy souborů nedostanou a tudíž je ani nevypálíš a máš potom odlišný obsah vypáleného CDR od obsahu na HDD. Možná je to tvůj případ.