Nevím jestli je to tvůj případ, ale tím, že odpojuješ slave disk je možné, že se v biosu přenastaví nastavení bootu a IDE0 se přemapuje na IDE1 ...x. Tím pak dojde k nenalezení boot jednotky, protože v biosu je předpokládám napevno nastavený IDE0 jako boot disk. Řešení je jednoduchý, skoč do biosu, mrkni tam na číslo IDE toho disku, kde máš systém a ten pak zadej do nastavení jednotek pro boot.

EDIT:
Ono se totiž někdy stává, že když přehazuješ HDD tak si bios uloží nastavení, kdy HDD chybí a pořadí jednotek je pak třeba:
1. FDD
2. None
3. CDROM
Takže 2. je třeba hodit opět na klasický IDE0 nebo IDE1 podle toho, kde máš systém.