v Drive Image žádná volba "copy mbr too" není, vždy mi vše bez problémů fungovalo (používám disketovou DOS verzi).

Pro názornost:
na PC s nainstalovanýma WinXP jsem nainstaloval Win98, čímž jsem bez pochyb přepsal boot sektor. Rozbalil jsem zálohu disku C: (je tam pouze spouštěcí oblast a soubory + virtuální pamět) a po restartu bylo vše jako dřív... Při kopírování na jiný disk je to úplně to samé.