Dovolte mi nyní, abych si sám odpověděl na svůj dotaz.
Řešení bylo opravdu jednoduché, přišel bych na něj za 15 minut, kdyby se mi to nestalo ráno a já už musel jet do práce.

Nuže, mam 3 primární oddíly:
C: 2GB win98 fat32
D: 12GB winXP ntfs
/boot 100MB ext3
BootMagic, jak jsem si dodatečně uvědomil, funguje tak, že vždycky všechny partišny označí jako Hidden, kromě jedné, ze které se bude bootovat OS.
Problém vzniknul také tim, že kromě BootMagicu, byl ještě na C: bootmanager XPček, který tam nacpali wokna sami.
Já, když jsem BootMagic zakázal, tak dal první oddíl jako Active a ostatni primarni oddily dal jako Hidden (což jsem si neuvědomil), no a to byl celej ten problém.
Na C: je bootmanager XPček, který pořád nabízel možnost bootovat do XPček, ale (jelikož je to jiný bootmanager než bootmagic) nepřepíná Hidden, prostě Active je pořád jenom C:, takže napred wokna nabíhali, ale pak když naběhla "grafika", tak najednou nemohli sami sebe najít, protože oddíl s XP byl hidden.

Vyřešil jsem to tak, že jsem z linuxu nahrál záložní boot.ini, ve kterém je i volba pro Win98 (normálně tam mam jenom boot XPček, win98 používam fakt jenom havarijně, jak je vidět, vono se to hodí )) ). Restartnul sem komp, nabootoval Win98, pustim Partition Magic a tam koukam, že XPčkovský oddíl je Hidden. No tak to odstranim, restartnu, no a XPčka normálně jedou.
Ještě že jsem nezačal opravovat XPčka z instalačního cdčka.